En 1989, elle parcourt l’Afrique sur les traces de Michel Leiris. Voyage duquel découle un livre, Sur les traces de l’Afrique Fantôme, pour lequel elle est lauréate de la Villa Médicis. En 1994, elle fonde la Première Biennale de la photographie africaine à Bamako qui vise à promouvoir la photographie africaine contemporaine à l’international. Elle y invite notamment les photographes Malick Sidibé et Seydou Keita. Entre 2000 et 2007, elle séjourne deux mois par an dans les appartements communautaires de Saint-Pétersbourg. Elle tire de cette expérience une série photographique qui expose les survivances du monde soviétique tout autant que les méandres inhérents au vivre-ensemble. En 2016, elle publie Virtual Seoul (Actes Sud) dans lequel elle dresse un portrait intergénérationnel de la Corée du Sud, entre technologie et reconstruction de l’après-guerre. En 2012, elle reçoit le titre d’Officier des Arts et des Lettres et en 2020, elle est à l’honneur au Musée du quai Branly-Jacques Chirac à Paris avec « Les Curiosités du monde de Françoise Huguier ».